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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已体现出非常广泛的菌物活力性，包扩抗肿癌和身体毒效果。一般说来，三萜是凭借甲羟戊酸方法合成图片的，并从非天然草木和细菌中截取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上说出了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的分析小论文。该分析遇到三萜类类化合物野生灵芝粉酸（GA）是能够溶液培养出的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物导出带来的。顺利通过转录组和血清质组学技艺进十步深入研究无柄虫草菌丝体中DHT带来二种虫草酸（GA）的制度化，并会按照多个学技艺测量到的相互影响表观遗传和相互影响血清，推断DHT 菌物人工 GA 的路径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和基本功能分类别

根据对无柄野生灵芝念珠菌菌丝体做好转录组测序共实现67230个转录本和14295个单染色体。在这样单染色体中，49多个被认定为异同展示染色体（DEGs），另外213个展示上涨，279个展示下降（图1A）。GO生物学聚集分折后，DEGs有生物学工作（BP）、上皮肿瘤细胞含量（CC）和分子机构模块（MF）3类。在BP品目中，导致了前三种子品目：消炎药化解分解肿瘤细胞肿瘤细胞基础分泌转化转化工作，醋酸钠盐分解肿瘤细胞肿瘤细胞基础分泌转化转化工作和甲酸盐分解肿瘤细胞肿瘤细胞基础分泌转化转化工作;而在CC品目中，上皮肿瘤细胞外区、突触符合体、突触机构是前三种亚类。对于那些MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、硫化还原故宫场景酶特异性和酸氨（或酰胺）链接酶特异性是前三种亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG环路分折中，前30条生物学聚集度极限的环路含有27条归属分解肿瘤细胞肿瘤细胞基础分泌转化转化，另外二氧化氮分解肿瘤细胞肿瘤细胞基础分泌转化转化、乙醛酸盐和二羧酸盐分解肿瘤细胞肿瘤细胞基础分泌转化转化、丙酸盐分解肿瘤细胞肿瘤细胞基础分泌转化转化4g信号环路相关性生物学聚集（图1D）。

图1|转录混合物析和系统分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

确认对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体做营养素酶质组学讲解，共分设定了16,457种特点肽、2606种营养素酶质和2588种酶联免疫法营养素酶质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的选择具体条件下，在这儿2606种营养素酶质中，94种被监定为性别一定的差异表述营养素酶（DEPs），至少52种调整，42种调低（图2A），图2C表现信息了性别一定的差异表述营养素酶的聚类具体阐述法讲解热图。从GO讲解看到，BP门类表现信息，绝大绝大部分数DEPs操作冰醋酸盐消化吸收历程中、抗菌素转化消化吸收历程中和治疗药物转化消化吸收历程中。CC类DEPs在神经肿瘤受损细胞系外区、过钝化物酶体和微体中的分配比例为最好，钝化保存酶灵活性氧和甲酸脱氢酶（NAD）灵活性氧在MF类中DEPs的分配比例最好（图2B）。与转录组结论相近，KEGG通道讲解表现信息，众多DEPs在消化吸收中丰度，至少3条最丰度的方法是光合怪物中的碳固定不变、碳消化吸收和MAPK无线信号通道（图2D）。另外，确认讲解GO数据信息库的CC对DEPs做亚神经肿瘤受损细胞系地位讲解和注解（图2E），DEPs关键占比在神经肿瘤受损细胞系质（40.66%）、神经肿瘤受损细胞系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），系统论上是GAs怪物镶嵌的关键地理位置。

图2|营养物质质组的一定量深入分析和职能安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

营生物转化率和比较组得票率DEGs和DEPs生产了维恩图，有20个差异性呈现什么是表观遗传（图3A）。对转录组和核胆固醇组中E组和C组共得的DEGs/DEPs实现聚类浅析浅析，发展mRNA和核胆固醇两者直接有1几个调涨什么是表观遗传和几个上涨什么是表观遗传，DEGs与其说讲述的DEPs呈现质量呈正对应的，研究背景Pearson的对应的比率浅析，在转录组和核胆固醇组两者直接检测工具到相对性较高的对应的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查测最后呈现，E组和C组15个DEGs的表明总体水平相互影响取得，各举9个为调整DEGs，3个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表明变化趋势与转录多组分析最后不同。

图3|蛋白酶质组的酶联免疫法具体分析和功用认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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